Протодиакон Алексий Трунин родился 10 августа 1974 года в Москве.
В 1991 году поступил в Московскую Духовную семинарию.
В 1994 году рукоположен в сан диакона ректором Московской Духовной семинарии епископом Дмитровским Филаретом. В том же году определен в клир храма Николая Чудотворца в Голутвине.
В 1996-2009 года служил в храме Троицы Живоначальной в Борисове.
В 2008 году возведен в сан протодиакона.
С 2009 года состоит в клире храма иконы Божией Матери «Всех скорбящих Радость».
В 1996-2004гг. проходил обучение в ВХНРЦ им.Грабаря у А. Н. Овчинникова. Протодиакон Алексий пишет иконы и расписывает храмы.
Женат, имеет 4 сыновей и 1 внука.