Работа по возрождению некогда знаменитого на всю Москву хора началась весной 2009 года по инициативе митрополита Илариона совместно с А. Пузаковым, который в 1980-х годах управлял левым клиросом Скорбященского храма, работая под началом знаменитого регента Николая Матвеева. Именно этот мастер стоял у истоков возрождения традиций московской школы церковного пения после ослабления гонений на Церковь, и центром этого возрождения стал в 1948 году вновь открытый храм «Всех скорбящих Радость» на Большой Ордынке.
За годы регентства Н. Матвеева были осуществлены записи русской духовной музыки и издание пластинок, которые в те годы, по словам А.Пузакова, были «проповедью веры и глотком свежего воздуха». Однако после кончины Н.Матвеева в 1993 году многие заложенные им традиции были прерваны, нотная библиотека Скорбященского клироса утеряна, а хор значительно сокращен, став заурядным камерным ансамблем певчих.
Синодальный хор, один из старейших профессиональных хоров России, был создан в Москве в 1721 году. Основой Синодального хора послужил хор Патриарших певчих дьяков, возникший в конце XVI века. Первоначально в состав Патриаршего хора входили только певцы-мужчины духовного звания. До середины XVII века пение было одноголосным, позже хор начал исполнять многоголосные партитуры, в связи с чем в его составе появились детские голоса (альты и дисканты).
С упразднением патриаршества в 1700 году певчие стали именоваться «соборными» и были прикреплены к Успенскому собору Кремля. После учреждения Святейшего Синода в 1721 году они были переведены в его ведомство и стали называться синодальными. На протяжении XVII-XVIII веков патриаршие певчие и в дальнейшем Синодальный хор по уровню и мастерству исполнения соперничали и как бы составляли «московскую» параллель хору государевых певчих дьяков, переименованному при Петре I в Придворную певческую капеллу, переведенную в Петербург.
На рубеже XIX-XX веков репертуар хора значительно расширился за счет привлечения светской музыки и обработок русских народных песен. Многие московские композиторы специально сочиняли для синодального хора. В свое время действенное участие в судьбе хора принял и Петр Ильич Чайковский. После восстановления в России патриаршества в 1917 году, хор сохранил свое, ставшее уже историческим, имя. На Пасху в 1919 году Кремлевские соборы были закрыты, Синодальное училище упразднено, а хор прекратил существование.
Приняв послушание регента возрожденного хора Скорбященского храма, А. Пузаков остался также руководителем созданного им в 1994 году хора храма Святителя Николая при Третьяковской галерее, а также регентом храма Святителя Николая на Трех Горах в Новом Ваганькове. Это позволило объединить творческие усилия 80 певцов. Состав хора делится для одновременного участия в богослужениях этих храмов и собирается вместе на регулярные репетиции, особо торжественные богослужения и концертные выступления.
3 января 2010 года, в день памяти святителя Московского Петра, после богослужения в Успенском соборе, где пел объединенный состав хора, Патриарх Кирилл благословил возродить историческое имя Московского синодального хора на базе церковного коллектива под управлением А. Пузакова. Целью хора является сохранение и развитие лучших традиций богослужебного церковного пения в московских храмах, а также популяризация этого искусства среди самых широких слоев общества: работа с детьми и молодежью, сотрудничество с государственными музыкальными учебными учреждениями, проведение концертов, фестивалей и конкурсов в разных возрастных группах.
